Uma das principais ameaças que afecta tanto juvenis como adultos, é a electrocussão e colisão com linhas de abastecimento eléctrico, originando elevada taxa de mortalidade.

   O abandono das técnicas agrícolas tradicionais, associado a uma consecutiva alteração da paisagem e habitat, afectam as densidades das populações de presa desta espécie, levando a uma diminuição dos recursos tróficos. Esta diminuição é ainda mais agravada pela incidência de doenças (mixomatose, doença hemorrágica viral) e sobre-exploração cinegética das populações presa, principalmente de Coelho-bravo.

   A perseguição directa a estas espécies ainda se encontra presente nos nossos dias, por pessoas que numa atitude de profundo desrespeito pela legislação existente sobre as espécies protegidas, abatem tanto indivíduos adultos como jovens.

   A abertura de caminhos, e construção de grandes infra-estruturas nas proximidades das zonas de nidificação, podem constituir acções causadoras de perturbação e impactos múltiplos no ecossistema, que podem afectar directa ou indirectamente os casais reprodutores da espécie.

   O aumento do número de ninhos de Águia de Bonelli ocupados por outras espécies, nomeadamente por Grifos e Águias-reais, pode constituir um factor de ameaça considerável, principalmente em casos de casais menos estáveis ou com menos disponibilidade de recursos tróficos.